Γεννήθηκε στις 11 Ιανουαρίου του 1968 στην Αθήνα από γονείς μικρασιατικής καταγωγής.
Ο Μάνος (Γερμανός) Αχαλινωτόπουλος, ξεκίνησε να ασχολείται με την μουσική εννιά χρονών παιδί, ακολουθώντας τον θείο του στα πανηγύρια.
Μαγευόταν από τον διονυσιασμό και την αμεσότητα των μουσικών οργάνων.
Από τη μια η παράδοση κι από την άλλη το έντεχνο τραγούδι, η τζαζ , το ροκ.
Σπούδασε παιδαγωγικά και κατόπιν πολιτικές επιστήμες στο Πανεπιστήμιο Αθηνών, ενώ παράλληλα σπούδασε βυζαντινή μουσική και ασχολήθηκε με τα ανώτερα θεωρητικά της ευρωπαικής μουσικής έχοντας δάσκαλο τον Μιχάλη Τραυλό.
Το 1987 παίρνει το βραβείο καλύτερου σολίστα στο φεστιβάλ Ιθάκης.
Το 1988 συμμετείχε στο Παμμεσογειακό φεστιβάλ Φολκλορικής μουσικής στη Βαλένθια της Ισπανίας.
Έχει συνεργαστεί με μεγάλους Έλληνες συνθέτες και μουσικούς, δισκογραφικά η σε συναυλίες, όπως οι :Χάρις Αλεξίου (Βύσσινο και νεράντζι), Ελευθερία Αρβανιτάκη (''Εκτός προγράμματος'', τραγουδά μαζί της το ''μαύρο μου χελιδόνι'' και ''της πικροδάφνης τον ανθό'' επίσης στην ''εκπομπή'' έχει συνθέσει το ''στα νερά να περπατήσω''), Νίκος Πορτοκάλογλου ''Κρυφτό'', Αλκίνοος Ιωαννίδης ''Ανεμοδείκτης'', ''όπως μυστικά και ήσυχα'', κ.α. Μιχάλης Χατζηγιάννης (τον συνόδευσε στο σιντάκι με τα παραδοσιακά που ηχογράφησε για το περιοδικό των ''νέων'' τον ''ταχυδρόμο'' πρωτοχρονιά του 06).
Επίσης με τους Γ. Νταλάρα, Δ. Γαλάνη, Α. Πρωτοψάλτη, Ε.Πασπαλά, Στ. Κραουνάκη, Χρ. Νικολόπουλο, Δ. Σαββόπουλο κ.α.
Επίσης και στην δεύτερη δισκογραφική δουλειά των Ιασις.
Δημιούργησε το μουσικό σχήμα ''Ελλήσποντος'' (1993), μαζί με τον συνθέτη και λυράρη Ηλία Παπαδόπουλο, κάνοντας συναυλίες και ηχογραφώντας δίσκους.
Είναι βιρτουόζος στο κλαρίνο, το ζουρνά, τις φλογέρες, στο kaval και άλλα παραδοσιακά πνευστά όργανα.
Παραστάσεις σε όλο τον κόσμο σε πάνω από 35 χώρες με κορυφαίες τη συμμετοχή στο μεγάλο Jazz Festival του Montreux δύο φορές 1999 και 2001, το Φεστιβάλ Sphinx του Βελγίου, το Σαββόραμα στο Μέγαρο Μουσικής Αθήνας και Θεσσαλονίκης με τον Διονύση Σαββόπουλο, ενώ ερμήνευσε -ως σολίστ συνεργαζόμενος με την συμφωνική ορχήστρα του Λονδίνου- με το κλαρίνο του, Μίκη Θεοδωράκη στις τελετές έναρξης και λήξης των Ολυμπιακών Αγώνων της Αθήνας.
Παράλληλα με την καλλιτεχνική δραστηριότητα ασχολείται από πολύ νεαρή ηλικία συνδυάζοντας την τέχνη με την επιστήμη με τη διάσωση καταγραφή - καταλογογράφηση της εθνικής μουσικής κληρονομιάς.
Επίσης έχει αναπτύξει όλα αυτά τα χρόνια πλούσια παιδαγωγική και διδακτική δραστηριότητα σε όλες τις βαθμίδες εκπαίδευσης καθώς και σε Ωδεία και μουσικούς οργανισμούς. (Δίδαξε παραδοσιακή μουσική στο ΤΕΙ Λαικής & Παραδοσιακής Μουσικής στην 'Aρτα καθώς και στην πρωτοβάθμια εκπαίδευση).
Επιπροσθέτως έχει στενή συνεργασία τα τελευταία τρία (3) χρόνια με τον Τομέα Τέχνης και Λόγου του Παιδαγωγικού Τμήματος Δημοτικής Εκπαίδευσης του Πανεπιστημίου Αθηνών διοργανώνοντας Πολιτιστικές Εκδηλώσεις με εκπαιδευτικό, και όχι μόνο, χαρακτήρα.
Το Μάρτιο του 2006 έδωσε σειρά παραστάσεων-κονσέρτων με την Εθνική Συμφωνική Ορχήστρα της Νέας Ζηλανδίας και τον συνθέτη John Psathas, στο Wellington και σε πόλεις της Αυστραλίας σημειώνοντας εξαιρετική επιτυχία, ενώ από τον Σεπτέμβρη του 2006 παρουσιάζει ένα project σε διάφορες Ευρωπαϊκές πόλεις με τίτλο "Balcan Clarinets" όπου συνεργάζεται με έναν κορυφαίο Τούρκο και ένα αντίστοιχο Σέρβο κλαρινετίστα, αναδεικνύοντας τις κοινές ρίζες και συνιστώσες της Βαλκανικής μουσικής.
Από τον Οκτώβρη του 2006 είναι διδάσκων του δημοτικού κλαρίνου στο Τμήμα Μουσικής Επιστήμης και Τέχνης του Πανεπιστημίου Μακεδονίας, ενώ από το 2008 είναι λέκτορας στο ίδιο τμήμα.
Το 2010 παρουσιάζεται ο δίσκος του Ζωπυρείν (έκδ Universal) και το 2011 ο δίσκος του Flight on Light (εκδ Rattle).
Ο πρώτος του προσωπικός δίσκος με τίτλο ''Υάκινθος'', κυκλοφόρησε την άνοιξη του 1998. Ακολούθησε το 1994 ο Nederlands Blazers Ensemble-Manos Achalinotopoulos-Vaggelis Karipis Zeibekiko The Greek Concert και μετέπειτα Μάνος Αχαλινωτόπουλος & 'Αλλοι: Κλαρίνο.
